یکی از چالش‌های حوزه مالیاتی در ایران، وجود حجم بالایی از معافیت‌های مالیاتی است که البته این به جز فرار مالیاتی و موارد دیگر است و درواقع این یک معافیت آگاهانه از جانب دولت بوده که به بخش‌های مختلف اقتصادی کشور مانند اشخاص، شرکت‌ها و... اختصاص داده شده است. طبق بررسی‌های «فرهیختگان» از داده های گزارش تفریغ بودجه سال 1402، براساس برآوردهای دیوان محاسبات کشور، در سال گذشته حجم معافیت‌های مالیاتی ایران حدود 556 هزار میلیارد تومان بوده که معادل 60 درصد کل درآمد مالیاتی دولت در سال 1402 است.
گزارش حاضر مدعی عدم اثرگذاری این معافیت‌ها نبوده و بررسی‌ها نیز نشان می‌دهد در اغلب کشورها معافیت مالیاتی به عنوان ابزاری برای تحریک رشد سرمایه‌گذاری و تولید و همچنین حمایت از افراد و مناطق کمتربرخوردار استفاده می‌شود. با این حال به نظر می‌رسد در ایران سیاستگذار با اعطای تعداد بالایی از معافیت‌های مالیاتی بعضاً غیرموثر و غیرهدفمند، علاوه بر آنکه خود را از درآمد مالیاتی قابل‌توجهی محروم کرده، موجب فشار به بخش مولد اقتصاد نیز شده است.
همچنین مشروط نشدن مالیات به لحاظ زمانی و مکانی، از دیگر اشتباهات سیاستگذار در ایران است؛ چراکه اعطای مالیاتی بی‌حدوحصر به لحاظ زمانی و مکانی منجر به تضعیف اهداف اولیه معافیت مالیاتی می‌شود. نمونه آن را می‌توان در مناظق آزاد مشاهده کرد. اطلاق عناوین کلی به معافیت‌ها و جزئی نشدن و به‌اصطلاح برخی از سیاسیون عدم نقطه‌زنی در اعطای معافیت‌ها؛ منجر به غیرهدفمند شدن این معافیت‌ها و عدم کارایی آنها نیز شده است.
براساس بررسی‌های فرهیختگان از داده‌های دیوان محاسبات، برآوردها نشان می‌دهد معافیت‌های مالیاتی قانونی در ایران طی سال ۱۴۰۲ معادل ۵۵۶ هزار میلیارد تومان بوده است. گفتنی است این رقم درحالی است که مجموع درآمد مالیاتی و گمرکی کشور در سال ۱۴۰۲ حدود ۹۳۲ همت بوده است، به‌عبارتی، معافیت مالیاتی در کشور معادل ۶۰ درصد از کل درآمد مالیاتی دولت طی سال گذشته است. براساس آمارها، از این رقم، ۴۷۷ همت مربوط به معافیت‌های مالیاتی و ۷۹ هم مربوط به تخفیفات گمرکی است.
