۱) عدم ثبات: مهم‌ترین مانع کسب‌وکار در ایران، عدم‌ثبات اقتصادی، وجود تغییرات ناگهانی و غافلگیرکننده قوانین و مقررات واردات و ممنوعیت آنها، رویه‌‌‌های اجرایی و آیین‌‌‌نامه‌‌‌ها و دستورالعمل‌‌‌های صادره از طرف وزارتخانه‌‌‌ها، بانک‌مرکزی و گمرک است.
۲) غیر‌اوراقی بودن بخش عظیمی از بدهی‌‌‌های دولت: بخشی از بدهی‌‌‌های غیر‌اوراقی دولت به دلیل عدم‌ایفای تعهدات دولت ایجاد شده است. این بدهی‌‌‌ها از آن جهت که بدون سررسید هستند و به طور معمول به آنها سود تعلق نمی‌گیرد، روش بسیار جذاب‌‌‌تری برای تامین مالی دولت هستند؛ اما به دلیل عدم‌شفافیت ارقام بدهی‌‌‌ها و نیز عدم‌ایفای به‌موقع تعهدات توسط دولت و شرکت‌های دولتی مخل محیط کسب‌وکار هستند.
۳) عدم‌شفاف‌‌‌سازی درآمدهای مالیاتی: ایجاد سازوکاری برای اخذ مالیات از مشاغل و جلوگیری از فرار مالیاتی آنها از طریق تقویت سازوکارهای قانونی و اتصال پایگاه‌‌‌های اطلاعاتی به یکدیگر ضروری به نظر می‌‌‌رسد.
۴) نبود برنامه جامع کاربردی در بهبود محیط کسب‌وکار کشور
۵) ناپایداری مالی و بودجه دولتی: ناپایداری مالی بودجه بخش دولتی تاثیر قابل‌توجهی بر نامساعد شدن محیط مالی دارد. کسری بودجه دولت و شرکت‌های دولتی، سبب افزایش انتشار اوراق بدهی می‌شود و این امر در صورتی که بدون تمهید مقدماتی نظیر افزایش سرمایه بانک‌ها و عملیات بازار باز صورت گیرد، سبب کاهش منابع مالی در دسترس کارآفرینان و تخریب محیط مالی کسب‌وکار می‌شود که می‌تواند بر تولید و درآمد مالیاتی سال‌های آتی اثر منفی بگذارد.
۶) عدم‌پرداخت مالیات واحدهای صنعتی بزرگ و فعالان اقتصادی در جامعه: با توجه به اطلاعات موجود از فعالان اقتصادی، تنگنای مالی دغدغه اول آنهاست. در کنار دشواری تامین مالی از بانک‌ها، به اعتقاد فعالان اقتصادی در بخش خصوصی «رویه‌‌‌های غیرمنصفانه و ناعادلانه ممیزی و دریافت مالیات» و «بی‌‌‌ثباتی و غیرقابل پیش‌بینی بودن قیمت‌ها به‌خصوص در زمینه مواد اولیه و محصولات» نیز نامناسب‌‌‌ترین مولفه‌‌‌های محیط کسب‌وکار کشور هستند.
باید دقت کرد که در سال‌های گذشته، بسیاری از فعالان و افراد جامعه یا اصلا مالیاتی نداده‌‌‌اند یا متناسب با استفاده از فضای کلان اقتصاد و درآمدهای مکتسبه خود، مالیات به اندازه‌‌‌ای پرداخت نکرده‌‌‌اند؛ حقوق‌بگیران مشخص و معلوم بخش عمومی و خصوصی و فعالان سالم کسب‌وکار دارای مجوز، همیشه در دسترس‌‌‌ترین افراد در زمینه اخذ مالیات‌‌‌ها هستند. این امر که هر گروه یا فردی که فعالیت اقتصادی دارد و البته مالیات لازم را به دلایل مختلف عدم‌استفاده از دستگاه‌‌‌های کارتخوان، عدم‌مشخص بودن آدرس دقیق محل فعالیت، فعالیت در قالب عدم‌دریافت مجوزهای مرجع و... پرداخت نمی‌‌‌کند، خود عامل مخلی بر محیط کسب‌وکار است.
۷) کمبود بازارهای هدف
۸) عدم‌استفاده از افراد متخصص و کارآمد.
نمی‌‌‌توان گفت که هیچ محیط کسب‌وکاری عاری از چالش است. همیشه در محیط کسب‌وکار چالش‌‌‌های متفاوتی وجود دارد. مهم این است که با برنامه‌‌‌ریزی و مدیریت قوی، چالش‌‌‌ها را به چالش کشید و برطرف کرد. با وجود تخصیص بودجه بیشتر در یک‌سال برای نهادهای تضمین‌کننده محیط کسب‌وکار با توجه به گزارش‌‌‌های مختلف موجود داخلی و خارجی، متاسفانه دولت در تنظیم بودجه اقدام خاصی در جهت بهبود محیط کسب‌وکار انجام نداده است.